Вратата на нашите не работи от близо седмица, докато МакКей и екипът му се опитват да разберат какво става, сонда се разбива в Атлантида.
Докато бърникат по сондата, МакКей забелязва репликаторски код точно преди диагностичната програма да забие, малко след това сондата се самоунищожава. От това те разбират, че Репликаторите са намерили Атлантида.
През това време Ронън и Шепард тренират и Ронън наранява Шепард, но докато стигнат до лазарета, Шепард няма и следа от рана. Той започва да се чуди дали не е бил заразен с нанити от сондата или пък мутациите от ретровируса отново се завръщат.
Намират Родни и Шепард се порязва с нож, след което раната веднага заздравява, тогава осъзнават, че не са само те, а целият екип.
Когато започват да разследват, разбират че д-р Уиър мистериозно се е появила в града. Уиър е била пресъздадена там, както и всички тях.
Лорн и много други са репликатори, които са взели облика на хора, които познават. Уиър, както и екипът на Шепард, са пресъздадени от нанити биологични същества с памет и характер, взети от първоначалното сондиране на истинските. Дори и градът е копие на Атлантида.

Защо репликаторите са ги създали? Откъде е дошла сондата? И как ще реагира истинският екип на Шепард, когато двойниците им идват с предложение за съвместна работа?